หลังจากมีการประกาศใช้ พ.ร.บ.สถาบันราชภัฏ พ.ศ.2538 สถาบันราชภัฏนครศรีธรรมราช จึงประกาศจัดตั้ง “บัณฑิตวิทยาลัย” ขึ้นในวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ.2538 เพื่อทำหน้าที่ ผลิตบัณฑิต ระดับบัณฑิตศึกษาตามปรัชญา “ผลิตบัณฑิตที่เลิศคุณธรรม ล้ำปัญญา แกร่งกล้าและเอื้ออาทรต่อ ท้องถิ่นและวิสัยทัศน์บัณฑิตวิทยาลัย” ภายใต้การอำนวยการกำกับดูแลและดำเนินงานของ คณะกรรมการบัณฑิตวิทยาลัยหลังจากปี พ.ศ.2547 สถาบันราชภัฏนครศรีธรรมราชปรับเปลี่ยน สถานะจากสถาบันราชภัฏ เป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏ ตามพ.ร.บ.มหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ.2547 มีการปรับโครงสร้างการบริหารทำให้บัณฑิตวิทยาลัยตามโครงสร้างองค์กรใหม่ ซึ่งส่งผลให้ การผลิตบัณฑิตในระดับบัณฑิตศึกษา เป็นหน้าที่ของแต่ละคณะ ที่ต้องดำเนินการพัฒนาหลักสูตร และผลิตบัณฑิตศึกษาไปตามแนวทาง ของแต่ละคณะและอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ คณะกรรมการบัณฑิตศึกษา พ.ศ. 2554 – ปัจจุบัน มหาวิทยาลัย ราชภัฎนครศรีธรรมราช มีนโยบายให้ปรับโครงสร้างองค์กรใหม่ โดยใช้ชื่อว่า “โครงการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัย” ซึ่งมหาวิทยาลัย ได้แต่งตั้งคณะกรรมการบริหาร โครงการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัย เพื่อบริหาร จัดการโครงการฯ เนื่องจากมีการพัฒนาหลักสูตรที่มีรูปแบบบูรณาการศาสตร์ ทำให้เกิด หลักสูตรที่หลากหลายขึ้น ภายใต้กำกับดูแลของคณะกรรมการบัณฑิตศึกษา